馬站鎮(zhèn)地處浙閩交界，瀕臨東海，是浙江的南大門，城鎮(zhèn)距蒼南縣城 28.5公里，界于北緯27°14′～27°18′，東25′～120°31′。馬站最東端為浙江省東海岸，南端緊鄰沿浦鎮(zhèn)和霞關(guān)鎮(zhèn)，最西端毗鄰福建省，最北端為蒼南縣南部高峰鶴頂山。馬站鎮(zhèn)自然條件優(yōu)越，是浙江省唯一具有南亞熱帶氣候特征的地理單元，全年冬暖夏涼，四季如春，由于西至西北有鶴頂山為屏障，阻攔冷空氣的南下，從而形成獨特的地形氣候，素有“浙江小昆明”之稱。